五代晉天祐五年(908),今清水河縣境屬晉之勝州;唐清泰元年(934),今縣渾河南部地區屬唐,渾河北地屬契丹,后全境入契丹管轄地。遼保大二年(1122)四月,設置寧邊州(治所在今縣窯溝鄉下古城灣古城),屬西京道大同府。金天德二年(1150),沿置寧邊州(治所在今縣窯溝鄉下古城灣古城),隸屬西京路總管府。元至順元年(1330),今縣境北部屬中書省河東山西道宣尉司大同路東勝州(治所在今托克托縣),南部屬武州(治所今山西省境)。
明正統十四年(1449)以前,今縣境屬鎮虜衛(今托克托縣黑城鄉)和東勝衛(今托克托縣城關)。明萬歷十年(1582)時,今縣為土默特部駐牧地。明末稱清水營。清崇德元年(1636),今清水河縣境屬土默特左翼旗管轄區域內。清乾隆元年(1736),設置清水河協理通判;清乾隆二十五年(1760),升為清水河理事通判廳,隸屬歸綏道。清光緒十年(1884),改為清水河撫民理事通判廳,屬歸綏道。
五代晉天祐五年(908),今清水河縣境屬晉之勝州;唐清泰元年(934),今縣渾河南部地區屬唐,渾河北地屬契丹,后全境入契丹管轄地。遼保大二年(1122)四月,設置寧邊州(治所在今縣窯溝鄉下古城灣古城),屬西京道大同府。金天德二年(1150),沿置寧邊州(治所在今縣窯溝鄉下古城灣古城),隸屬西京路總管府。元至順元年(1330),今縣境北部屬中書省河東山西道宣尉司大同路東勝州(治所在今托克托縣),南部屬武州(治所今山西省境)。
明正統十四年(1449)以前,今縣境屬鎮虜衛(今托克托縣黑城鄉)和東勝衛(今托克托縣城關)。明萬歷十年(1582)時,今縣為土默特部駐牧地。明末稱清水營。清崇德元年(1636),今清水河縣境屬土默特左翼旗管轄區域內。清乾隆元年(1736),設置清水河協理通判;清乾隆二十五年(1760),升為清水河理事通判廳,隸屬歸綏道。清光緒十年(1884),改為清水河撫民理事通判廳,屬歸綏道。